বেশ তোলপাড় হয়েছিল। পরিবারের ইচ্ছার বিরুদ্ধে গিয়ে ১৯৯১ সালে সাইফ আলি খান বিয়ে করেন অমৃতা সিংকে, যিনি তাঁর থেকে বয়সে ছয় বছরের বড় ছিলেন। তখনকার সময়ে বয়সে বড় একজন মহিলাকে বিয়ে করার ধারণা সমাজে সহজভাবে গৃহীত ছিল না। ভাগ্যিস, সে সময় সোশ্যাল মিডিয়া ছিল না; থাকলে তাঁদের ট্রোলিংয়ের মুখোমুখি হতে হতো।
বিয়ের সময় অমৃতা সিংয়ের বয়স ছিল ২৭ বছর। সাইফ ও অমৃতার এই বিয়ে তাঁদের পরিবারের জন্য মোটেও সহজ সিদ্ধান্ত ছিল না। তবে তাঁদের বিবাহিত জীবনও সুখকর হয়নি। প্রথম কয়েক বছর ভালো কাটলেও পরবর্তী সময়ে তাঁদের সম্পর্কের টানাপোড়েন বেড়ে যায় এবং ২০০৪ সালে তাঁদের বিবাহবিচ্ছেদ ঘটে।
সাইফ একবার এক সাক্ষাৎকারে জানান, বিচ্ছেদের পর অমৃতার খোরপোশ হিসেবে তাঁকে ৫ কোটি টাকা দিতে হয়, যার মধ্যে আড়াই কোটি তিনি পরিশোধ করেন। এছাড়া, ছেলে ইব্রাহিমের ১৮ বছর বয়স না হওয়া পর্যন্ত প্রতি মাসে এক লাখ টাকা করে দেওয়ার প্রতিশ্রুতি দেন সাইফ। তিনি বলেছিলেন, “আমি শাহরুখ খান নই; এত টাকা আমার কাছেও নেই, কিন্তু প্রতিশ্রুতি দিয়েছি, সব টাকা মিটিয়ে দেব।”
বিবাহবিচ্ছেদের আগে তাঁদের দাম্পত্য জীবনে মনোমালিন্যের কথা ঘনিষ্ঠ মহলে শোনা যেত। সাইফ অভিযোগ করেছিলেন, তাঁকে মানসিক অত্যাচারের শিকার হতে হয় এবং অমৃতা তাঁকে অপমান করতেন। এমনকি, অমৃতার দাবি ছিল সাইফ একজন অযোগ্য বাবা ও খারাপ স্বামী।